設立より２００年、ファウンデーションは衰退の一途をたどる銀河帝国から存在を忘れられたまま、持てる科学力を武器に銀河外縁部で勢力を増していた。だが彼らを脅威と察した若き帝国軍人が、帝国史上最後となる戦いを挑む。さらにファウンデーションを思いもよらぬ危機が襲った。天才ハリ・セルダンの未来予測にはなかったはずの正体不明のミュータント、“ミュール”の出現である。