人類が滅亡の瀬戸際で踏みとどまってから９年。アメリカは地球にただ１体残された巨大ロボットを用い、他国を蹂躙していた。それに抵抗する各国とのあいだで全面核戦争の危機が迫る中、巨大ロボット・テーミスがついに地球に帰還。それは６０００年前にテーミスを地球にもたらした異星種族との本格的遭遇でもあった…星雲賞受賞作『巨神計画』、『巨神覚醒』に続く三部作完結編！