根と土とのかかわり、より象徴的にいえば根と微生物とのかかわりがおかしくなっている。土壌病害という微生物の反撃はその一つの表われである。「微生物段階の土つくり」とは、根と微生物の関係を基本にすえて、施肥、物理性の改良、有機物利用、作付のしくみや栽培管理といった課題を、田畑の実状に応じて総合的に組み立てていくことをめざすものである。