土地改良資材の投入や有機物の多用による土つくりだけでは、もはや根と微生物の悪化した関係をよくすることはできない。微生物に着目する必要がそこにある。「微生物段階の土つくり」とは、根と微生物の関係を基本にすえて、施肥、物理性の改良、有機物利用、作付のしくみや栽培管理といった課題を、田畑の実状に応じて総合的に組み立てていくことをめざすものである。