ある日、野原家に、しんのすけの本当の母親を名乗る屁祖隠ちよめと、その子どもの珍蔵がやってきた。ちよめはしんのすけの実の母親で、しんのすけが生まれた時、病院でしんのすけと珍蔵がとりちがえられたと話す。ひろしとみさえはちよめの話を信じないが、その夜、しんのすけはちよめとともに、忍者たちがひっそりと暮らす忍びの里にさらわれてしまう。実は忍びの里には、地球の重大な秘密が隠されていたのだ。はたして、しんのすけは忍者の子どもなのか？そして、地球の未来、しんのすけと家族、みんなの明日はどうなるのか！？小学中級から。