神の湯が湧き出る「道後温泉」にひっそりたたずむ温泉宿「湯築屋」。今日も世界各地の神様たちが癒やしを求めやってくる。この不思議なお宿を切り盛りするのは女子大生若女将の湯築九十九。宿のオーナー兼夫で稲荷神のシロと甘酸っぱい（？）夫婦生活を送りながら日々修業に勤しんでいる。そんなある日、友人の燈火が夜道で何者かに襲われる事件が。必死に逃げ惑う燈火を救ったのは、白い着物をまとった謎の美青年だった。後日お客様として現れた彼の正体は、なんと大蛇の伝説を持つ神様「ミイさん」で…！？