クッパを改心させ、恐竜ランドへとバカンスにやって来たオレ、ルイージ、ピーチ姫。恐竜ランドは６つの島からなる美しいリゾート地だ。が、事件はそこで起こったんだ。またもやクッパによってピーチ姫がさらわれてしまった。見渡してみれば、この国に住んでいるはずの恐竜の姿もない。どうも様子が変だ…。オレとルイージは、気のいい恐竜ヨッシーといっしょにクッパ打倒の旅にでた。待ってろよピーチ。そして恐竜たち！きっと助けてやるからな。果たしてオレたちの運命やいかに…。