三代将軍家光の世、オランダは高砂（台湾）のタイオワン港を占拠、日本へ牙を向けてきた。そんな折、高砂へ威力偵察に出帆した長崎奉行所の御用船がオランダ要塞に拿捕された。秀吉の遺児にして肥後菊池一族の長・波芝信十郎は、御用船に乗り組んでいた菊池一族らを救出すべく、明人倭寇の巨大ジャンクで現地に突入して…。