長崎奉行からの出島のオランダ商館長にキリシタンの疑いありとの報を受け、目付・稲葉徹太郎が赴く。また商館長の蔵から盗難があったことも判明し、稲葉が探索。そんな折、北九州沿岸に唐船出没との報せに、目付筆頭の妹尾十左衛門が急遽赴く。敵は大砲を備えた巨船群との報もあり、近隣の藩も及び腰だった。一方、江戸では目付を騙る者たちの悪行が横行し…。