正体不明の巨大生物「怪獣」の度重なる出現に対抗すべく、日本は専門の省「怪獣省」を設置、発見・予報・殲滅の撃退プロセスを確立させた。怪獣の進行方向や攻撃方法を分析する予報官の岩戸正美は任務中、奇妙な事件に遭遇する。風力発電所の停止命令が届かなかった町で見つかった死体。音響統制が敷かれた静寂の中で鳴り響いた一発の銃声。怪獣が生息していると噂される湖で失踪した調査官ーそして、怪獣が絡んだ事件には必ず、くたびれたコートをなびかせた一人の中年男が現れる。警察庁特別捜査室の船村と名乗った男の噂を、正実は耳にしていた。「怪獣捜査官」と綽名される船村と、正美は事件に立ち向かうことになっていく…。