エリツイン大統領が急死したロシアでは、権力の座をめぐり熾烈な争いが展開され、また、深刻な農作物の不作に見舞われてかってない飢餓の危機にさらされていた。そして１９９９年１２月３１日。新しい千年紀の到来を祝うカウントダウン・セレモニーに大群衆が集まったマンハッタンで、爆弾による無差別テロ事件が発生。捜査の結果、容疑者としてロシア政府の要人が浮上する。巨大企業の経営者ゴーディアン率いる危機管理特殊部隊“剣”に出動命令が下った。