昭和２０年４月６日１５時２０分、戦艦大和を旗艦とする第二艦隊は沖縄へ水上特攻すべく徳山沖から最後の出撃をした。翌７日、米爆撃機から投下された魚雷が大和にむかう。魚雷が左舷に吸いこまれた-この瞬間『時間』に歪みが生じた…。９５年１２月４日深夜、広島市内で数人の老人が行方不明となる。数時間後、発見された老人たちの姿は呉市の海岸、柱島の見える場所にあった。９６年４月７日、東シナ海を航行中のまぐろ漁船が突然、霧につつまれる。霧の中からひびいてくるエンジンの音、巨大な船の軸先に輝く菊の紋章…。５０年の時をへだてて、なぜ大和は姿を現わしたのか。大和の行く手を阻む米海軍横須賀基地、平和を享受する日本に突きつけられた４６センチ砲…東京湾に危機が迫る。