敷島英二率いるシャンバラ教団による軍事クーデター勃発から一か月半。戦艦大和を総旗艦とする新設された日本連合艦隊の出撃態勢が整った。作戦は二つの枝作戦で構成されている。ひとつは、首都奪還作戦。もうひとつが、北海道上陸作戦。そして、ハワイ・マウイ島に設置された臨時日本政府の統合作戦本部で、ついに渡辺首相によって作戦実施が命令された。三陸沖をゆく潜水艦隊、その中心には、クーデター軍に乗っとられた最新鋭の攻撃型潜水艦「玄海０１」の姉妹艦「玄海０２」の姿があった。一方、世界最大の海域制圧艦として生まれ変わった大和は首都奪還をめざし、小笠原諸島沿いに北上する…。果たして、人類の未来を賭けた壮絶なる海戦を制するのは。