長野から東京に転校してきた小学五年生、桐生彩葉の正体は、なんと忍者！でも、クラスメイトたちには、彩葉が忍者であることはヒ・ミ・ツ。そんな彩葉の住む町で、事件がおきた。犯人をさがしだし、町の平和を守るため、トビー、ナッキー、颯、そして彩葉が結集。「忍者ＫＩＤＳ」いよいよ出陣。