遠藤教授の謎の発明品を巡って怪ロボット・電人Ｍと名探偵明智小五郎の激しい推理合戦が始まった。舞台となるのは東京の一角に出現した人工の月面世界。そこには驚くべき秘密が隠されていた！少年探偵団員と小林少年の活躍で電人Ｍを追い詰めるのだが…。