なんと帝都・東京のいたるところに大量のネズミが発生。あの魔術師が新たな脅威を作り出したのだ。住民たちは、パニックになって帝都を脱出しようとするが、それは罠だった！？黒岩涙香先生をはじめ、アキラたち帝都探偵団の面々は、制服を着た謎の少年少女とともに闘うが…。帝都シリーズ完結編。果たして帝都の運命はー。