博物館として繋留されていた空母“イントレピッド”で、化学兵器を用いた大規模テロが発生した。危機を察知することに失敗したオプ・センターは、ミドキフ大統領によって即時解隊を命じられる。長官の座を追われたチェイス・ウィリアムズは自責の念に駆られるが、マット・ベリー大統領次席補佐官からかけられた言葉は意外なものだった。「わたしはきみにつぎの任務を携えてきた」。事件を引き起こしたテロリスト、アフマド・サーレヒー元大佐の追撃。それがチェイスに課された新たな使命だった！