ファン・カブリーヨ船長率いるオレゴン号のメンバーに新たな使命が下った。メキシコでもっとも危険な麻薬王のウーゴを生け捕りにするという任務だ。しかし作戦のさなか、実行部隊のひとりが突然の爆発に巻き込まれて命を落とす事態が発生し、カブリーヨは作戦に介入した何者かへの復讐を心に誓う。一方、世界的密輸組織“パイプライン”の頭目たちの間では恐るべき計画が進行していた。ロシアの潜水艦から巨大核魚雷カニオンを強奪し、それを用いて大都市破壊作戦を実行しようというのだ…。