江戸時代は、キリスト教が禁止されていた時代だった。では、キリシタン（キリスト教徒）はどのように取り締まられたのだろうか。やがてキリシタンでないことを寺院が証明することになり、寺請・檀家制度が成立する。つまり、寺院は支配の末端機構となった。しかし寺院は地域において、様々な役割を果たすようになる。本書では、各地におけるキリシタン禁制の進展と、寺院の動向や民衆の宗教生活について見ていく。