江戸時代、キリスト教は禁止されていたが、島原・天草地方では、多くの信者がひそかに活動していた。ある迫害事件をきっかけに、この地方に暴動がひろがる。三万七千人の一揆勢が、荒れはてた城に集結し、十字架の旗をかかげて幕府軍に立ち向かう。一揆の総大将は、天草四郎と呼ばれる謎の少年だった！