西暦二六二四年四月ー。宗教国家ガイアードの参戦がもたらした“人類史上最悪の年”が明けると、勢力分布図は一変していた。驚異の科学力と造られた信仰心を背景にしたガイアードが圧倒的な力を誇り、太陽帝国では北河庚充郎と皇太后麗明の対立が激化。北河はガイアードに接近し、囚われていた凛斗の母「里亜」を、ガイアードに友好の証として引き渡していた。ガイアードの勢力拡大を怖れた凛斗とレオンは、副参謀長プラトンの献策により、三面作戦を実行する。その一つには、ガイアードからの里亜奪還計画が含まれ、凛斗に心を寄せるレオンの娘ライアが、里亜と共に自分の母親を連れ戻すために実行部隊に参加していた。だが、凛斗の行く手には、“鎮魂の歌”が流れていた…。