辺境を走る列車の中、ロイ・マスタング大佐らと偶然再会したエルリック兄弟は連日のように起こる爆弾テロの捜査で東方司令部が大忙しであること、テロを防げない軍への市民の感情が悪くなっていることを聞く。事件の真相を探るロイは、密かに時を同じくして起きている連続誘拐事件との関係を調べていたがなんと、その事件にエドワードたちも巻き込まれることに…。