バンデーン艦が開戦まもないアーリグリフ、シーハーツ両軍に突然襲来、大きな打撃をあたえる。そのために両国は、休戦の後、協力してバンデーンに対抗することに。そんな中、フェイトはクォークのリーダー、マリアと出会い、驚くべき真実を知る。ファンタジーからＳＦへ、星の海の物語の解明編。