ユウナたちがシンを倒してから二年と数ヶ月が経ち、スピラは新たな時代を迎えていた。ユウナはやっと再会したティーダとの時間を大切にするため、ビサイド島でゆったりとした時間を過ごそうとしていた。そんなある日、二人が乗った船が嵐に見舞われ、見知らぬ島に漂着する。そこでユウナはその島の真実に直面することに…。