本書では、微生物に関する全学問分野の基礎的用語を中心に、境界、応用領域における最新の用語をも包括し解説を加えることとした。したがって、項目の選択にあたっては、生物学的分類，学問分野別分類，内容分類などの大分類を設け、さらにそれぞれに数十に及ぶ小分類を付し、項目の選択・整理を行ない、多角的検討を数次にわたり繰り返し、１０，０００項目余を精選した。