小笠原近海に国籍不明の小型武装艇が出現したのをきっかけに、日本政府を震撼させる大事件が続発した。与党幹事長が誘拐され、経済界の重鎮が暗殺されたのだ。すべてが巨大秘密結社ＷＨＰＡの日本国乗っ取り工作であることをつかんだ政府は、スーパー・ニンジャ鷲津翔に計画阻止を依頼。密命を受けた鷲津軍団は、敵組織壊滅のために敢然と立ち上がった。