突如、１００機を超えるＢ-２９の大編隊が、平成の東京を爆撃してきた！大量の敵機に自衛隊は防戦一方となった。そんな最中、官房副長官・滝川治は、平成時代の日本本土が昭和２０年にタイムスリップした事実に気付く。一方、沖縄特攻直前の演習を終えた戦艦大和が呉に帰港。大和は自衛隊とともに戦うことになった。航空自衛隊はマリアナ諸島への反撃作戦を敢行。成功したものの、戦争終結への道は見えない。滝川は大和に乗りこんで、対中講和工作を画策する。しかし、そこにハルゼー大将率いる米海軍第３艦隊が立ちはだかり、東シナ海海上で日米艦隊決戦の火蓋が切られた。果たして大和は、混迷する日本を救えるのか。