三人の宇宙飛行士を乗せて、種子島宇宙センターを飛び立ったシャトル『流星』が消息を絶った。なんと彼らが行き着いた先は１９４２年。太平洋戦争の真っ只中の２１世紀科学の粋が時空転移してしまったのだ。連合艦隊司令長官・山本五十六との知己を得た三人は、超大国アメリカに対抗すべく連合艦隊に協力し、大型潜水艦伊２１潜をスーパー・ハイテク艦『大和』に改良。自分たちのシャトルを特殊潜航艇『信玄』として、戦雲高まる太平洋へと乗り出した。三人の活躍によって珊瑚海海戦で華々しい勝利を収め、次なる決戦場ミッドウェイへ向けて動き出した連合艦隊。だが彼らを待ち受けていたのは太平洋艦隊司令長官スプルーアンスの知略に満ちた罠だった。危うし、連合艦隊。