２１世紀の最先端技術を導入したスーパー・ハイテク潜水艦『大和』とスペースシャトル改造の潜航艇『信玄』の大活躍によって、連合艦隊はミッドウェイの大決戦を制した。次なる戦いはガダルカナル。米豪の連絡路を遮断し米本土侵攻への足がかりとする一大作戦だった。潜水艦『大和』の三人の乗員は、悲劇の島の歴史を変えるために、シャトルの部品を流用して完成させたＶＴＯＬ戦闘機『彗星』を投入。だが、一方の米太平洋艦隊でも、期せずして同じ現象が起きていた。時空転移して来た二人の宇宙飛行士が、ジェット戦闘機『ブラックバード』を開発して日本に対抗してきたのだ。熾烈を極める米太平洋艦隊の反撃。再び合衆国優勢に傾きはじめた戦局に連合艦隊は。