連合艦隊の雄、戦艦『大和』と、海上自衛隊のイージス護衛艦『こんごう』が、時空軸のうねりに巻きこまれて、それぞれ６０年あまりを隔てた別世界に交差する如くタイムスリップしてしまった。２００７年、米国のアジア侵攻に端を発した第二次太平洋戦争。それまで守勢に回っていた日中韓台連合軍は一大反抗作戦を敢行し、イージス・システムとミサイルを装備した戦艦『大和』が、空母『ハリー・Ｓ・トルーマン』に襲いかかった。一方、太平洋戦争では、トラック沖で連合艦隊と米太平洋艦隊が激突し、『こんごう』の対艦ミサイルが敵戦艦に次々と命中炸裂していくー。隔たった時空上に展開する二つの太平洋戦争で激突する巨大戦艦たちの宿命対決、その壮絶な運命の行方は。