下総国中河藩の小役人の嫡男として生まれた九十九幹之介。幼少より医術や本草に興味があった幹之介は、家督を継いだ後も勤めのかたわら能を磨き、近隣の者たちの病を診るまでの腕になっていた。だがある日、運命は一変した。かねてより幹之介が診ていた同輩の妻・小菊が急死したのだ。自らの余命を知り、女の悦びをいま一度という小菊の願いを聞き入れ、情を交わした直後のことだった。幹之介は妻の不義を確信して乗り込んできた同輩を斬り、藩を出奔する。明庵と名を変え、江戸は神田須田町の裏長屋に住まいを得た幹之介。追手の影に怯えながらも、人の心身の痛みを感じる異能を生かし、医師明庵として生きていくことを決意するのだが…。