関東大震災に巻き込まれ、６４００万年前の白亜紀に時空移動してしまった辰巳恭介海軍大佐は、そこで人類とはまったく異なる進化を遂げた恐竜人文明と出会う。人間とあまり変わらない外見の恐竜人は、人類をはるかに凌駕する科学技術を手に入れていたが、天変地異による絶滅の危機に瀕していた。恐竜人国家、竜宮帝国の生き残りのため、辰巳は、恐竜人たちとともに日米開戦直前の昭和に戻ることを決意する。連合艦隊司令長官・山本五十六は、恐竜人の超科学技術を転用し、戦艦《大和》《武蔵》を大改装、日米開戦とともに大戦果を挙げた。一方、アメリカは日本海軍に対抗するため、異端の狂科学を軍事に利用する。太平洋で激突する日米の超絶兵器決戦の行方はいかに。