一九四四年十月、ハルゼー率いる米第三艦隊とのレイテ沖海戦によって、連合艦隊は戦艦武蔵を始め多数の戦力を失った。だが進撃を続けるハルゼーを襲ったのは、大本営が起死回生を図って立案した神風特攻隊の反撃と巨大な台風だった。二重の脅威によって貴重な戦力を失った米太平洋艦隊は、戦局の先行きに暗雲の兆しを感じ始める。翌年三月、特攻隊の猛威に多大な犠牲を出しつつも硫黄島を攻略した米軍は、次いで沖縄に侵攻。一方、連合艦隊司令部は沖縄を支援すべく戦艦大和の出撃を決定した。迎え撃つ米軍も新鋭戦艦部隊を派遣し、両軍は遂に艦隊決戦の刻を迎える。だが激戦に挑む巨艦たちの行く手には再び激しい嵐が…。神風は連合艦隊の運命を変えうるのか。