１９４２年８月、山本五十六連合艦隊司令長官は、敗色濃厚となった戦局を打開すべく、画期的な新艦隊の編成を決意した。それは巨大潜水空母伊四〇〇型に水上攻撃機晴嵐を搭載した海底機動艦隊だった。翌年１月、新編成なった機動艦隊は秘かに出撃。米豪間の通商破壊、ガダルカナル再奪還と中部太平洋方面での大反攻が始まったのだ。米海軍は物量作戦でこれに対抗、一時は海底機動艦隊にも危機が迫る。だが、海底機動艦隊は酸素魚雷超遠距離雷撃、対駆逐艦攻撃用新兵器で反撃、さらに潜水空母を護衛する水中高速潜伊二〇一型も投入し、万全の態勢を整えた。ハワイ占領を足がかりに早期講和を目論む日本海軍と乾坤一擲の決戦に臨む米海軍が、ハワイ沖で激突する。