特務実験艦隊から、天皇陛下直轄ともいえる第三軍に昇格した「大日本帝国独立艦隊」。だが帝国陸海軍は、「愚連艦隊」と蔑視していた彼らをアテにしないと戦えないところまで追い詰められていた。かたや敗戦続きのアメリカで指揮のトップに立つのは、軍産複合企業シュナップ社オーナーのグラント。はからずも一人娘マリアを人質に取られて逆上した彼は、財力にものをいわせて日本撃減を誓う。一方、頼みの愚連艦隊は、司令長官の大官寺から代理を命じられた参謀見習い吉祥寺智子の作戦がハズレまくり、かつてない危機に…。そしてアメリカでは、満を持して新編制された大艦隊が出撃。しかも、その司令長官は大官寺の宿敵、記憶を失ったあの男だった。