伊号第四〇〇潜水艦は、南極作戦で米軍の新鋭駆逐艦との海戦を繰り広げ、なんとか勝利を収めた。その後、同潜はトラック環礁に戻り、新たに建造された伊号第四〇一潜水艦と出合う。二隻の特型潜水艦によって第一〇一潜水隊を創設した日本軍は、ガダルカナル島撤退作戦の支援のために出撃。しかし、実戦経験もなく錬度の低い四〇一潜が足を引っ張り、同潜水隊は窮地に追い込まれていくー。中部太平洋での激戦を終えた四〇〇潜は、改装工事のため一度日本へ戻る。そこで新たに四〇二潜を加え、スエズ運河を通行不能にする作戦に向かうのだった。猛勇なイギリス艦隊が守るスエズ運河。敵の警戒網をかい潜り、同潜水隊が攻撃を開始する！