２０２１年、伊豆半島を震源とする震度７の巨大地震が発生した。政府はすぐに自衛隊による緊急災害派遣隊を出動させるのだが、米大統領から非合法に建設された核施設の存在を知らされる。東日本大震災と同様の悲劇を防ぐため自衛隊員たちは必死の捜索をするも、時すでに遅し。同施設から発した謎の波動が自衛隊と３万人に及ぶ市民を包み込むのであった。一瞬の出来事に戸惑うも、彼らは洋上に浮かぶ戦艦「長門」を目にし、昭和１８年に時空転移したことを理解する。そんな矢先、帝都上空に迫るＢ２９の大編隊を発見。はたして自衛隊は撃墜命令を実行するのか！？否応なく戦争に巻き込まれていく彼らは、平行世界で繰り広げられる日米戦争を生き抜くことができるのか！？