ＣＩＡ長官に呼び出されたジェイソン・ボーンは、副長官のリンドロスが１週間前に失踪していたことを知る。テロリストの核爆弾密輸情報をつかんだリンドロスは、エチオピアで調査にあたっている最中、何者かに拉致されたのだ。リンドロスを救出するため、エチオピアに飛んだボーンの目の前に次々と危機が降りかかる。暗殺者ジェイソン・ボーンの孤独な闘いを描く３部作第２弾。