太古の昔、一人の乙女が髑髏の形をした不気味な箱を見つけ、その箱を開けたために、七つの大罪をこの世に解き放ってしまった。数千年後、世界に満ちあふれた悪に対抗するように、スーパーヒーローの軍勢が立ち上がった。ヒーローたちは３つの派閥に分かれていたが、それぞれのチーム名にジャスティス・リーグという言葉を冠している点は同じだった。彼らは独自の主義と手法に基づいて活動しており、チーム同士は不安定ながらもバランスを保っていた。今までは。しかしパンドラの箱が再び表舞台に登場し、その悪の波動が伝染病のごとく広がり始めた。スーパーマンでさえも、その影響には逆らえなかった。箱のパワーを制御できるのは、もっとも強き心か、もっとも暗き心の持ち主のみ。箱の秘密を解き明かそうと、３人の謎の男女が世界を駆け巡り、世界の命運を決するスーパーヒーロー同士の戦いが始まる。だが、悪の裏側には、さらなる巨悪が待ち構えていた…。