進学校を登校拒否になった林ユマが編入した「ゼロ学」。そこは、１３歳から１００歳までの生徒が在籍し「現実逃避」「自殺願望」「殺人欲求」「身体的劣等感」など心の闇を掘り下げ、克服するための特殊な学園だった。性同一性障害を持つ担任教師や多重人格のクラスメイト、ＡＶ女優との友情や自殺ロールプレーイング、そして学園閉鎖に追い込まれる前代未聞の事件…。様々な出来事を通じ、進学校では学べないことを体験しユマの人生が大きく転換してゆく。人間の神秘がもたらす奇想天外な青春ストーリー。