時は１８６９（明治２年）年５月、明治新政府に抵抗をつづけてきた旧幕臣たちの北の要塞『五稜郭』は、数か月間の激戦のすえ落城を目前にしていた！最後の出撃を敢行せんとする新選組の土方歳三を見送った旧幕府海軍副総裁の榎本武揚は、刺客の集団に襲撃され、危ういところを歳三に救われる！歳三は左手で剣をふるっていた！右利きのはずの歳三がーなぜ？４日後、武揚は天才剣士伊庭軍兵衛の臨終に立ち会い、怪異に遭遇する。枕頭につめた者たちが斉しく動きを止めた中にあって、武揚ひとりが目にしたのだ、妖しの陰陽師が出現したのを。そして武揚だけが耳にした、陰陽師の口からもれた「-これで１１人」というつぶやきを。直後、軍兵衛は絶命。以前の戦闘で左手を失った軍兵衛は隻腕であったが、死体に欠けているのは、なんと右手ではないかーこれはどういうことなのか？３年後の明治５年、死罪をまぬがれて出獄した武揚の前に、１５年以上も前に死んだはずの剣師、千葉周作があらわれる！驚く武揚に周作は「自分が１人目で、超絶の剣士団の総勢は１２人」と告げるのだった！剣士団の統率者は、邪神クトゥルーの威光を負う謎の陰陽師・山田一風斎！幕末維新の闇に暗躍する一風斎の狙いは何か？明治ニッポンはクトゥルーに呑みこまれてしまうのだろうか？