島のように大きなくじらの「ジマ」は、嵐の海で出会った人間の赤ちゃん「ナミ」を自分の背中の上で育てることになってしまう。人間の子育てに悪戦苦闘するジマだが、ナミはすくすくと成長していく。ナミが５歳になったとき、ジマはくじらの群れを率いて「マジックオーシャン」を目指す。そして、生きるか死ぬかの運命を賭けた過酷な旅が始まる。