自由惑星同盟政府から謀殺されそうになったヤン・ウェンリーはハイネセンを脱出し、旧第十三艦隊の仲間たちと合流した。いまや不正規軍となったヤンたちは、新たな活動の拠点とするべく、イゼルローン要塞の再奪取をはかる。一方、銀河帝国皇帝ラインハルト・フォン・ローエングラムは、自由惑星同盟を覆滅すべく、第二次「神々の黄昏」作戦を開始。首都星ハイネセンへと進撃を開始する。これを迎え撃つのは同盟軍の宿将アレクサンドル・ビュコック。専制政治と民主共和政治。最後の戦いが始まるー。