ダークエネルギーの調査をしていたアメリカの軍事衛星が、彗星の尾に接近した後、地球に墜落する。通信が途絶える直前に衛星から送られてきた画像がとらえていたのは、廃墟と化した四日後のアメリカ東海岸だった。一方、ローマのヴィゴー・ヴェローナのもとに届いた古い頭蓋骨にも、四日後に地球が滅びるとの予言が記されていた。シグマフォースのペインター・クロウ司令官は、モンク・コッカリスたちを派遣し、ヴィゴーとその姪のレイチェルとともに、頭蓋骨の送り主がいるアラル海に向かわせる。その頃、死んだと思われていた母親の行方を探してマカオを訪れていたセイチャンが、何者かに拉致される。グレイ・ピアースとジョー・コワルスキは、セイチャン奪還のため北朝鮮の平壌に乗り込んだ。