考古学者を夢みる十三歳の少年ジェイク・ランサム。両親も考古学者だったが、三年前にマヤ文明の遺跡で行方不明になったきりだ。ある日、ジェイクとその姉ケイディはマヤ文明展に招待され、ピラミッドのミニチュアを見ていると不思議な声がしてきた…導かれるように形見のメダルをピラミッドにはめこんだふたりは気がつくと別の世界へ飛ばされていた！生きている恐竜や失われた部族の人々が住む世界でジェイクは錬金術師見習いになることにー