新世紀の幕開け直前のロンドン。人々を恐怖させ、大混乱に陥れたその事件は、宵のうちから降りだした雪が風に舞うなかで始まった。翌朝、一人の男の死体が発見されたー体中の骨が砕け、青あざだらけで膨張した、見るも無惨なもの。しかし、周囲には足跡ひとつなく、ましてや凶器もなかった。まるで空気、いや“神の息吹”に殺されたかのようだった…。このあまりにも“不自然な死体”の謎がシャーロック・ホームズのもとに持ち込まれた。相談にやってきたのは、“心霊医師”の異名をとるジョン・サイレンス博士。うさんくさげな人物に難色を示すシャーロックだったが、「事件はこれだけでは終わらない」、と告げられ相棒のワトソンと共に、“神の息吹”の謎を解明すべく行動を開始する。それはロンドン中を巻き込む、大事件の始まりだった…。