Ｓｕｐｅｒｉｏｒ　Ｓｅｉｅｎｔｉｆｉｃ　Ｓｐｅｃｉａｌ　Ｓｅａｒｃｈ　Ｓｑｕａｄ-超科学特殊捜査班、通称“ＶＳ”。これは“ＶＳ”のメンバーとして、理不尽な犯罪者たちに立ち向かう、少年と少女の物語である！旭川で起こった流出技術犯罪の最中に、ヴァーサスは“高エネルギー人間事件”の手掛かりとなる指紋を採取することができた。しかし、突如、“Ｓ１”こと水城蒼がそれを奪って失踪してしまう！その理由も目的も思い当たらず困惑する次郎に、“Ｓ１”誕生の秘密と“Ｖ１”の真の使命が明かされる。