横浜ベイブリッジ爆撃事件に端を発した警察と自衛隊の対立は、ついに自衛隊の出動にまで発展した。不測の事態に備えるという名目で都内各所にかり出された戦車や戦闘レイバー、装甲車、完全武装の自衛隊員たち…。それはまるで東京に戒厳令が敷かれているかのようだった。しかし、そうした過剰な防衛をあざ笑うかのように、敵はわずかな手勢で攻撃を仕掛け、都内全域を混乱の渦に陥れた。ここに至って特車二課の後藤隊長はついにある決断を下す…。「機動警察パトレイバー２ＴＨＥ　ＭＯＶＩＥ」の監督押井守が自ら構築した小説版「パトレイバー２」、衝撃の完結編。