天才小学生忍者、鷲尾木葉。素軽い身のこなしと忍術で松明屋紅葉を追跡する美少女である。今日は標的に勘づかれたものの、高校の前までの尾行は成功していた。だがー「またや…」いつものように校門の中へ込ったハズの紅葉を見失い、途方に暮れる木葉。そんなとき、彼女が出逢ったのはプロジェクトＲのためにパイロットを調達するように指示を受けた高取集たちだった。呆気ないほどあっさりと交渉は成立し木葉は宇宙戦艦を手に入れる。かくして忍者少女の追跡が本格的にはじまった。