４００年前、地震で海にしずんだと伝えられる九州、別府湾の島。「日本の昔話」に登場する伝説の島。１６世紀に「Ｉａｐａｎ」「Ｎｉｐｈｏｎ」（日本）をおとずれたヨーロッパ人が上陸した島。にもかかわらず多くの歴史家はその実在を認めていない幻の島。それゆえに日本の歴史からは消えてしまった南蛮文化の島。この島は本当にあったのではないか？実際に海にしずんでしまった「日本のアトランチス」ではないのか？そう考えた地元の一歴史学者の呼びかけに応じて、地理学、土木工学、地球物理学、海洋生態学など、学問分野の違いを越え、科学者たちがあつまり、学際的調査が別府湾ではじまった。